Cơ cấu tổ chức của Trung tâm bao gồm 01 Giám đốc do Chủ tịch UBND tỉnh bổ nhiệm, 01 Phó Giám đốc do Chánh Văn phòng UBND tỉnh bổ nhiệm và 30 cán bộ, nhân viên thuộc các tổ.